Do niezwykle restrykcyjnego projektu, zaproponowanego przez Komisję Europejską w 2008 r. udało się wprowadzić szereg zmian na etapie uzgodnień z krajami członkowskimi, dzięki którym uda się zrealizować cele dyrektywy (ograniczenie emisji zanieczyszczeń do powietrza, gleb i wód) przy jednoczesnym zmniejszeniu kosztów ich wdrażania dla przemysłu, oraz urealnienia terminów wejścia w życie nowych, zaostrzonych poziomów emisji.
Uwzględniono przede wszystkim najważniejsze postulaty Polski, czyli okresy przejściowe dla sektora energetycznego, zwłaszcza opartego na węglu: duże źródła spalania będą stopniowo ograniczać emisję tak, aby nowe, ostre normy zostały osiągnięte do 30 czerwca 2020 r. (pierwotny projekt zakładał skokowe ograniczenie od 1 stycznia 2016), elektrociepłownie do końca 2022 r., natomiast instalacje, których czas „życia” dobiega końca (tzw. derogacja opt-out) będą mogły funkcjonować zgodnie z obecnymi normami do końca 2023 r.
Ponadto udało się wprowadzić zapisy, które zwiększają udział państw członkowskich w ustalaniu dopuszczalnych poziomów emisji dla poszczególnych branż przemysłowych.
Nowa dyrektywa bowiem ma zastąpić siedem dotychczasowych dyrektyw z tego zakresu, z których najważniejszą (poza dyrektywą regulującą kwestie energetyki) jest dyrektywa o zintegrowanym zapobieganiu zanieczyszczeniom (IPPC), która dotyczy dużych zakładów przemysłowych (od hut, przez składowiska odpadów po fermy drobiu), które w chwili obecnej muszą dążyć do stosowania najlepszych dostępnych technik (BAT) i uzyskiwać tzw. pozwolenia zintegrowane. Przyjęty projekt zakłada zwiększenie wymagań wobec tego typu instalacji, których w Polsce jest ponad 3 tys., natomiast w całej UE ok. 53 tys.
