Ponadtrzydziestoletnia stacja będzie zmodernizowana. Okazją do rozpoczęcia prac będzie remont drugiej części tunelu średnicowego pod Śródmieściem - tej, którą jeżdżą pociągi dalekobieżne. Prace zaplanowano tam na 2009 rok. Potrwają trzy, cztery miesiące. W tym czasie zamknięty Dworzec Centralny będą omijać wszystkie pociągi. Większość pojedzie przez Dworzec Gdański, gdzie w 2008 roku mają być przebudowane tory i przebite przejście podziemne ze stacji metra pod ulicą Słomińskiego na perony i Żoliborz.
PKP liczy na to, że dużą część robót na Dworcu Centralnym uda się wykonać właśnie w czasie jego zamknięcia. Wtedy można by wyremontować kondygnacje podziemne z peronami i przejściami. Konieczna jest także wymiana instalacji podziemnych, wyszlifowanie kamiennych peronów i poprawienie wystroju. Zmodernizowana zostanie także hala główna. PKP chce w czasie remontu wzmocnić fundamenty, by w przyszłości postawić tam nowy budynek. Ma go wznieść prywatny inwestor. Pod jednym dachem oprócz części kolejowej znalazłaby się też część komercyjna z hotelem i biurowcem. Te inwestycje na Dworcu Centralnym zaplanowano dopiero po 2012 roku.
Ile będzie kosztował remont dworca? Wszystko zależy od tego, ile pieniędzy na remont znajdzie PKP. Jest także szansa na pieniądze z Unii Europejskiej. Szacuje się, że generalny remont Centralnego pochłonie około 40 mln euro.
Za to przed mistrzostwami Europy rozgrywanymi w Warszawie mają powstać całkiem nowe dworce Zachodni i Wschodni. Tu od początku inwestorem będzie prywatna firma wybrana podczas negocjacji.